Το 961 ο Νικηφόρος Φωκάς ελευθερώνει την Κρήτη από τους Άραβες και χτίζει δυτικά του Γιούχτα το Φρούριο «Ρόκα» , ώστε να ελέγχει την γύρω περιοχή. Όταν το 1912 η Κρήτη καταλαμβάνεται από τους Ενετούς , αρχίζει η οικοδόμηση πολλών εκκλησιών με βυζαντινά και φράγκικα χαρακτηριστικά. Έτσι λοιπόν και στις Αρχάνες αυτή την περίοδο (14ος – 15ος αιώνας ) χτίζονται σημαντικές εκκλησίες , όπως ο Άγιος Γεώργιος (δίπλα στα καταλύματα) , Αγία Τριάδα , Αγία Παρασκευή , ο Εσταυρωμένος , η μονή της Μεταμορφώσεως του Σωτήρα (σημερινός Αφέντης Χριστός) στην κορυφή του βουνού. Την ίδια περίοδο ολοκληρώνεται σε μια απόκρημνη πλευρά του Γιούχτα ένα εντυπωσιακό κτίσμα με την ονομασία «Κελλάκια των Καλογράδων» ,που κατά την παράδοση φτιάχτηκε από καλόγριες που έσκαβαν τα κελιά τους στον βράχο. Στην περιοχή Ασώματος , 3χμ νοτιοανατολικά των Αρχανών , η εκκλησία του Μιχαήλ Αρχαγγέλου είναι ένα εξαίρετο βυζαντινό μνημείο με τοιχογραφίες της εποχής των Παλαιολόγων.