Το Κνωσανό φαράγγι εκτείνεται νότια των Αρχανών (Άγιος Μάμας), διατρέχει τον οικισμό των Αρχανών στη θέση Κάτω Μύλος, την περιοχή Μυριστή, την υδατογέφυρα Καρυδάκι έως την υδατογέφυρα της Αγίας Ειρήνης Σπήλια, με συνολικό μήκος διαδρομής περίπου 5,7 χλμ. και συνεχίζει βόρεια περνώντας από την Κνωσό. Το διασχίζει ο χείμαρρος Καίρατος ή Κατσαμπάς, ο οποίος περνώντας από την Αγία Ειρήνη και την Κνωσό καταλήγει στη θάλασσα, στην περιοχή Κατσαμπά. Η περιοχή του φαραγγιού, η οποία ονομάζεται και Παράδεισος, έχει χαρακτηριστεί ως τόπος ιδιαίτερου φυσικού κάλλους και έχει ενταχθεί στο δίκτυο Natura 2000.
Η χλωρίδα στο Φαράγγι
Η ποικιλότητα των ειδών χλωρίδας στην περιοχή είναι μικρή, λόγω της ύπαρξης σκίασης από τα κυριαρχούντα είδη που είναι το πλατάνι και ο βάτος. Συνολικά στο φαράγγι εμφανίζονται μέχρι τώρα 120 είδη φυτών από τα οποία τα 40 απαντώνται στις κοίτες των ποταμών και τα υπόλοιπα στα πρανή. Ενδημικά είδη εμφανίζονται μόνο στα πρανή των φαραγγιών όπου υπάρχουν 11 είδη, από τα οποία τα 2 είναι σπάνια και τα 9 κοινά ενδημικά της Κρήτης.
Τα σπάνια είδη είναι η καμπανούλα, Campanula tubulosa, που φυτρώνει στη Δυτική Κρήτη και η Νεπέτα, Nepeta melissifolia, που είναι ενδημικό της Κρήτης και της Μήλου και συναντάται σε μικρούς πληθυσμούς. Σημαντικό στοιχείο της χλωρίδας του φαραγγιού είναι η παρουσία σημαντικού πληθυσμού ενός ψυχρόβιου δένδρου Φτελιάς Ulmus minor ssp. Canescens.
Το είδος αυτό απαντάται, με λίγα άτομα, σε περιοχή των Χανίων και θεωρείται ότι είναι εισαγόμενο. Η ύπαρξη ενός σημαντικού πληθυσμού στο Κνωσανό φαράγγι, δείχνει ότι το είδος είναι ιθαγενές της Κρήτης, υπόλειμμα μιας άλλοτε ψυχρής εποχής, όταν δηλαδή υπήρχαν παγετώνες στην ηπειρωτική Ευρώπη.
Η πανίδα στο Φαράγγι
Δύο μεταναστευτικά είδη πουλιών που συναντώνται στο φαράγγι είναι οι μυγοχάφτες και οι τσαλαπετεινοί. Υπάρχουν επίσης κάργιες και ορισμένα βραχόβια είδη, όπως ο γαλαζοκότσυφας. Η πλειονότητα των υπόλοιπων ειδών είναι η τυπική της θαμνώδους βλάστησης.
Στα σημεία όπου υπάρχουν τέλματα γλυκού νερού και παραποτάμια δέντρα συναντάται μεγάλη ποικιλία στρουθιόμορφων, όπως σπίζες και παπαδίτσες. Επίσης, στο φαράγγι απαντάται η νεροχελώνα και τα αμφίβια πρασινόφρυνος και δεντροβάτραχος.
